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Hay un borrador de catálogo de 1766 a 1800 realizado por su director que señala el año, lugar, numeración, páginas y título del expediente. Entre los expedientes catalogados, se encuentran algunos documentos interesantes sobre demandas de la población indígena contra autoridades locales, hacendados, curas y corregidores. También existen varios expedientes sobre tributos y diezmos impuestos a la población indígena. Cabe resaltar, por su importancia, algunos expedientes sobre los indios chiriguanos sujetos a las actividades misioneras y de reducciones; así como otros sobre grupos de las tierras bajas, como los Yuracarés, Mamorés, Moxos, etc. En uno de ellos se encuentra un plano realizado por Tadeo Hanke en 1802 sobre la región de los Yuracarés.
- Período republicano
El Archivo Prefectural, aunque contiene interesante documentación sobre el siglo XVIII, el grueso se refiere al período republicano. Entre éstos, una fuente importante para el estudio de la estructura agraria y tenencia de la tierra son los catastros que comprenden los años 1945 hasta el presente. Existen algunos de esos catastros rústicos de principios de siglo que tienen información sobre haciendas y la mano de obra (colonos indígenas quechuas). Otra serie, no ordenada, es la de la correspondencia de la prefectura que comprende demandas de las comunidades a la prefectura y otras autoridades.