La historia (portuguesa) del Ceará empieza en 1603 con la malograda expedición de Pêro Coelho de Souza, cuñado del donatario, que se dispuso a reconocer el territorio, iniciar el poblamiento y combatir los franceses y a sus aliados indígenas. Pêro Coelho recibió del gobernador general la patente de capitán de la conquista. La continua hostilidad de los indígenas de la Sierra de Ibiapaba y de los franceses, aliada a la falta de recursos prometidos por el gobernador general llevó al fracaso de la expedición que retornó al Río Grande do Norto con muchas pérdidas humanas. En 1607 otra expedición encabezada por los Pe. Francisco Pinto y Luís Figueira también terminó en desastre con la muerte del primero y la retirada del sobreviviente.
La conquista del Ceará por los portugueses se hizo bajo el mando de Martim Soares Moreno entre 1611 y 1612. De gran determinación hablando la lengua de los indios y viviendo entre ellos, Martim Soares Moreno pudo neutralizar el dominio de los franceses sobre los grupos indígenas del litoral. Allí determinó la construcción de algunos fuertes y fundó otros núcleos de ocupación. En 1619, Martim Soares Moreno fue nombrado capitán del Ceará. Este territorio fue integrado en el Estado do Maranhão e Grão-Pará en 1624 situación que se mantuvo hasta 1656, cuando el Ceará pasó a estar subordinado a la capitanía general de Pernambuco, Estado del Brasil.
La principal fuente de consulta para la historia del Ceará tanto para el período colonial como para el imperial, es la Revista Trimestral do Instituto do Ceará, que se publica desde 1887 hasta el presente. En esa revista se puede encontrar gran cantidad de información sobre la colonización y pueblos indígenas. El núcleo más importante de la documentación publicada es la denominada "Colecção Studart" resultante de la recopilación de documentos por el barón Studart en Europa.
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