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El "Museu Nacional do Río de Janeiro" fue fundado en 1818 como un museo de Historia Natural y Etnografía. Desde el momento de su fundación se benefició de la intensa actividad e investigación desarrollada a lo largo de todo el s. XIX por naturalistas extranjeros y nacionales. Entre los primeros se encuentran Spix y Martius integrados en una misión científica patrocinada por el gobierno austriaco, con motivo del casamiento del príncipe heredero D. Pedro con la archiduquesa Leopoldina de Austria. Se siguieron otras expediciones como la del príncipe Maximiliano Wied-Neuwied, que se dedicó al estudio de la naturaleza y de pueblos indígenas, principalmente de los Botocudos del este de Minas Gerais, Espírito Santo y sur de Bahía. En las primeras décadas del s.XIX el naturalista A. Saint-Hilaire, que viajó por el sur, este y centro-oeste del país, dejó gran número de obras impresas con mucha información sobre indios y otra población regional.
Naturalistas ingleses, interesados en estudios sobre la evolución de las especies, como Wallace y Bates, estuvieron en Brasil a mediados del siglo pasado. Por esas fechas llegó el paleontólogo danés William Lund, que trabajó durante años, en cuevas del centro de Minas Gerais donde descubrió restos de animales y restos humanos del que denominaría "homem de Lagoa Santa". Se siguieron grandes expediciones en dirección al centro-oeste de Brasil y a la Amazónia, como la del francés Francis Castelnau y la de Agassiz, que trabajó en estrecha colaboración con el "Museu Nacional". Paralelamente a esas actividades, Ladislau Neto y João Baptista Lacerda, naturalista del "Museu Nacional", se dedicaron a la investigación paleontológica, arqueológica y biológica relativas pueblos indígenas (desaparecidos y actuales) del Brasil.
En la segunda mitad del s. XIX también se llevaron a cabo investigaciones arqueológicas sobre pueblos indígenas prehistóricos en el litoral del Río de Janeiro y en el sur del Brasil con el estudio sistemático de los restos de cultura material y de esqueletos conservados en "sambaquis" o ostreras. Investigaciones semejantes realizadas en el bajo Amazonas y en las costas de Amapá por el arqueólogo Domingos Soares Ferreira Penna, fundador del "Museu Paraense de História Natural e Etnográfica", revelaron gran variedad de culturas prehistóricas indígenas como las de Marajó, Mirancanguerra, Cunani, etc.
La importancia del "Museu Nacional" para el estudio de pueblos indígenas reside en las valiosas colecciones etnológicas y arqueológicas que alberga, y en su preciosa biblioteca, con cientos de miles de volúmenes, folletos y documentos de naturaleza cartográfica e iconográfica, como son los dibujos y textos del naturalista Alexandre Rodrigues Ferreira que ilustran aspectos de la naturaleza y de pueblos indígenas de la Amazónia y Mato Grosso en las últimas décadas del s.XVIII. Paralelamente a la gran exposición sobre la Historia del Brasil organizada por la Biblioteca Nacional en 1881, el Museu Nacional realizó en el mismo año, una exposición antropológica que pretendía demostrar el nivel de conocimientos acumulados sobre pueblos de indios brasileños hasta esa fecha. Como complemento, el Museu Nacional publicó en 1881 dos obras con el resultado de investigaciones hechas sobre pueblos indígenas desaparecidos, remanentes y actuales, a cargo de naturalistas y estudiosos como Ladislau Neto, João Baptista de Lacerda, Charles Hartt, Mello Moraes Filho e João Barbosa Rodrigues: el volumen VI de los Archivos do Museu Nacional y la Revista da Exposiçào Antropológica.
Este museo cuenta con un archivo histórico que guarda, fundamentalmente, manuscritos donados por particulares. Destacan las colecciones para el estudio de la esclavitud en Brasil.
Se debe comentar que este archivo tiene varias colecciones de fotografías y grabados con iconografía frecuente de indígenas de diversas zonas amazónicas. Cuenta con diversos catálogos inéditos.
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