La capitanía de Pernambuco conoció un progreso rápido con la economía de la caña de azúcar, a pesar de la hostilidad de los indígenas y de los continuos ataques de franceses (s.XVI) y de holandeses que ocuparon la región en el s. XVII. Los primeros intentos de ocupación definitiva del territorio datan de la tercera década del s. XVI. A mediados del siglo, Pernambuco era ya uno de los polos de desarrollo de la colonia. La permanente importación de esclavos negros, necesarios al desarrollo de esta economía basada en la caña de azúcar, incrementó rápidamente la población. Al lado de los esclavos negros y de los colonos, una población menguante e inestable de indios reducidos por jesuitas, constituía una reserva de mano de obra y matriz indispensable de mujeres para la reproducción biológica de la población.
A mediados del s.XVI, el naufragio de un navío en que viajaba el primer obispo del Brasil, que acabó con la muerte de éste y de sus acompañantes sacrificados en ritual antropófago por los indios Caeté, llevó a una guerra generalizada contra los pueblos indígenas de la región. Los indios sobrevivientes estrecharon sus alianzas con los franceses y, en el siglo siguiente adoptarían igual política con los holandeses. Los registros históricos y las crónicas de la época están llenas de testimonios sobre estos pactos en Pernambuco y en las capitanías dependientes de Alagoas, Paraíba, Río Grande do Norte y Ceará.
Después de la expulsión de los holandeses a mediados del s. XVII la prosperidad material e intelectual de Pernambuco prosiguió y se mantuvo en los s. XVIII y XIX. A partir de 1863, el "Instituto Arqueológico e Geográfico Pernambuco" dio inicio a la publicación de una revista al igual que el "Instituto Histórico e Geográfico Brasileiro".
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