4. Audiencia de Guadalajara (1533-1837), 590 legajos.
Existe un inventario mecanografiado que resume de forma más o menos minuciosa, dependiendo de cada legajo, el contenido general de los volúmenes que componen la Audiencia de Guadalajara (Véase, Archivo General de Indias, Inventario Audiencia de Guadalajara).
Existen además varios legajos con el título de "cartas y expedientes" con documentación miscelánea, sin catalogación exhaustiva.
Leg. 55-62, cartas y expedientes de los obispos de Guadalajara, 1547-1700.
- 133-137, expediente sobre el descubrimiento conquista y misiones de la provincia de California, 1602-1758.
- 138-142, expediente sobre la conquista de Nuevo México, 1639-1754.
- 151, expediente sobre la guerra de los indios enemigos del Parral, 1693-1702.
- 152, expediente sobre la guerra con los indios Tobosos y sus aliados (Sonor) 1694-1698.
- 162, expediente sobre la conquista y reducción de los indios de la provincia de Nayarit, 1714-1722.
- 164, expediente sobre la conquista de Nayarit y sobre hostilidades de indios del Parral, 1716.
- 166, expediente sobre la pacificación de los indios Chichimecas del Nuevo Reino de León, 1718-1724.
- 171, expediente sobre la conquista y reducción de varias castas de Indios (Coaguileños, Acoclames, Cocoyomes, y Chisos) de la provincia de Nueva Vizcaya. 1723-1724.
- 194, expediente sobre el estado del Gobierno de la Nueva Vizcaya, y excesos que cometen los indios bárbaros y apóstatas en sus fronteras, 1755-1756.
- 204-207, cartas y expedientes del obispo de Guadalajara y Durango, 1690-1760.
- 253-254, informes sobre el estado de las provincias internas de la audiencia de Guadalajara y sobre la provincia de Coahuila por Teodoro Croix, 1782.
- 328, inventarios de cartas y expedientes (Contienen inventarios de la documentación existente. La mayoría han sido realizados a finales del siglo XVIII).
- 367, inventarios de expedientes diarios.
- 368, expedientes diarios.
- 377, expedientes inventariados.
- 400, expedientes e instancias de partes.
- 415, expedientes sobre la historia de conquista de la Nueva Galicia escrito por el Ldo. D. Matias de la Mota, 1760.
- 416, expediente de la expedición hecha a la Sonora por D. José de Gálvez, 1766-1773.
- 417, expedición hecha por tierra de Monterrey en California, 1768-1772.
- 418, expediente sobre misiones de California, 1767-1775.
- 419 A y B. expediente sobre la sublevación de los indios de la Pimería Alta y sus incidencias, 1752-1775.
- 543, expediente sobre la visita pastoral a la diócesis de Guadalajara por el obispo Juan Cruz Ruiz de Cabañas a los curatos de su jurisdicción, 1804-1807.
- 555, expediente sobre la erección de obispado del Nuevo reino de León y división de su territorio 1772-1781.
- 556, expediente de visita del obispado de Durango por el obispo Pedro Tamarón, 1765.
- 559, expediente sobre la erección del obispado de Sonora y el establecimiento de Custodias de Padres Franciscanos en las Provincias internas. 1776-1787.
- 572, expedientes inventariados.
- 587, expedientes de misiones 1768-1819.