5. Audiencia de Panamá (1513-1825), 374 legajos.
Las referencias documentales de mayor interés sobre grupos indígenas son las siguientes:
Leg. 78, expediente que trata de la reconquista de la isla de Santa Catalina por el general D. Juan Pérez de Guzmán. 1668.
- 84, expediente que trata de la reducción y conversión de los indios Gorgonas y Darienes y de haberlos poblado en las riberas de los ríos Chagres y Bryamo, 1678-1698.
- 89-90, expedientes sobre las fortificaciones de los Castillos de Panamá, Portobelo y boca del río Chagres y mudanzas de Panamá al sitio del Ancón y Portobelo. 1632-1688.
- 94, expediente sobre el comboy de Portobelo con gentes, armas, municiones que se condujeron a Panamá, y Cartagena, 1671-1696.
- 109, consultas y decretos de la expedición del Darién. 1700.
- 211 y 212, expedientes sobre la expedición de Natá y causas seguidas contra los rebeldes por D. Dionisio de Alcedo, 1765-67.
- 244, registros de oficio y partes del río de San Juan. Capitulaciones, instrucciones, reales órdenes, etc., sobre su descubrimiento y población, 1536-1546.
- 245, registros de oficios y partes. Veragua. Capitulaciones. Reales órdenes, etc., sobre su descubrimiento y población, 1534-1628.
- 374, cartas de visitadores y religiosos misioneros. 1800-1806.
Destacan las cartas de cabildos de indios, concretamente de Capira, localizadas en los legajos 207 y 296 con abundante información institucional y jurídica de interés para conocer la integración indígena en los estamentos coloniales (Véase TORRES RAMIREZ, Bibiano; BERMEJO GARCÍA, Juana; VILA VILAR, Enriqueta. Cartas de Cabildos Hispanoamericanos, Audiencia de Panamá, CSIC, Escuela de Estudios Hispanoamericanos, Sevilla 1978).